バージョン履歴

0.6.5
2022年7月20日
・batch部分のMSnデータの対応付けのときの検索マージン（Da）を設定できるようにした。
　peakeditor.find_msn_precursor_margin
  デフォルトは0.05 Da

0.6.4
2022年5月30日
・batch部分のMSnBestの計算のパラメーター設定を、外出しした。

0.6.3
2022年3月20日
・アラインメントのパラメーターを追加。
　新規のアラインメントを実行するオプションを、
　アラインメントの部分と、アラインメントの修正の部分に分けることにした。
　大量アラインメントでは、アラインメントにはメモリをそれほど必要としないが、
　アラインメントの修正で多くのメモリを使う。
　スパコンへのジョブ投入のメモリ設定を適切に制御できるようにするため。
  1) job.alignment.new_alignment_calcの他に
  2) job.alignment.revision_alignmentsを加えた。
  2)はデフォルトでtrueにしておいた。2)を書かないとrevisionがされないので、
  これまでのパラメーターファイルで違う動作になるため。

0.6.2
2022年2月16日
・MFSearcherのサーバーURLを指定できるようにした。
　PowerGetBatch.jarと同じフォルダにsystem.iniを作り、
　ここにmfsearcher.url=でURLを書く。/で終わること。

0.6.1
2022年1月16日
・大量のファイルをアラインメントするときに、従来の方法だと時間がかかり過ぎていたので、
　新しい方法を開発した。
　パラメーターファイル（alignParams.txt）で、alignment.method = 1を指定すると
　適用される。
　アラインメントの性能は、ほぼ変わらない。
　サンプル数が少ないと、従来法の方が短時間で終了する。
・アラインメントの出力で、aloneでないサンプルのうち1サンプルにしかピークが存在しないのに
　出力されているものが若干残っていたので、これらを厳密に除外するよう修正した。
2022年1月17日
・アラインメントのパラメーターファイルの書式を以下のように拡張し、
　省略表記が可能なようにした。

パラメーターファイル（alignParams.txt）が存在するディレクトリが、
デフォルトでconf_dirとなる。
（したがって、conf_dirの指定は基本不要となる。）

base_dirは、デフォルトでconf_dirが存在するディレクトリとなる。
out_dirは、デフォルトで、base_dir中の「out」ディレクトリとなる。
aligned_file_simpleは、デフォルトで、base_dir中の「_aligned.txt」ファイルとなる。

base_dirを指定した場合、そのbase_dirを基準に、
out_dir, aligned_file_simpleが、自動的に上記デフォルトになる。

out_dir = に「default」に続けて<tab>***を指定すると、base_dir\***になる。

aligned_file_simple = に「default」に続けて<tab>***を指定すると、base_dir\***になる。


0.5.5
2021年7月11日
・アラインメントのバッチで、エラーが出る場合に再試行できるようにした。
　デフォルトの試行回数は3回。コマンドラインの-rオプションで回数を指定できる。
　試行回数を超えてもアラインメントが成功しない場合は、それ以降のバッチ処理は
　行われずに終了します。

0.5.4
2020年1月11日
・アラインメントのバッチができるようにした。
　コマンドラインで、-alb -f SETTING_FILE
　SETTING_FILE中でalign = FILE_PATH
　で書かれたパラメーターファイルが順に処理される。
　SETTING_FILE中では、これまで通りincludeによる別ファイルの
　参照も可能。alignを全部拾い上げた時点でバッチ処理が開始される。

・アラインメントで、複数のアダクトが存在する場合に、Deionized Massが0と
　なっていたが、最初に出現する最優先アダクトを用いて計算することにした。
　アラインメント元のファイルで、アダクトが複数ある場合は、
　Deionized Massもカンマ区切りでデータ記載されており、読み込めていなかった。
　これを適切に読み込むように修正した。

・アラインメントで、files_***.txtファイル群の自動作成の動作を変更した。
　これにより、自動作成・上書きの指定がよりシンプルになった。
　[変更前]
　confDirに_samples.txtというファイルがあり、files_match.txtがない場合、
　files_match.txtを自動で作成するメソッドを加えた。
　files_match1.txt, files_match2.txt, files_match3.txt, files_msn.txtは、
　files_matchの情報を使って、ファイルが存在しても上書きされる。
　[変更後]
　confDirに_samples.txtというファイルがある場合、
　files_match.txtの有無にかかわらず、files_***.txtを全部自動作成し、
　上書きする。

・TODO
　RTが大きくずれるサンプルのアラインメントのとき、intensity優先で
　重複解決を行うと案外うまくゆくことが分かった。
　intensity優先モードの追加を行う。
　最大枠数の決定法と重複解決ロジックの再検討が必要。

0.5.3
2019年11月8日
・デフォルトのパラメーターファイルなど、説明を少し加えたり。
2019年10月7日
・アラインメントの近場のピークを見つけるパラメーターが、
　外だしし切れていなかったのを修正。
2019年3月1日
・MS1, MS2ファイルに分かれているときに、Alignmentまで行けるように。
　まだちょっと途中。。
・scanInfoが作られないときに、デフォルトでconfフォルダ内のファイルを
　読み込むようにした。
・プリカーサースキャンを探す時のマージンを設定できるようにした。

0.5.2
2018年9月21日
・scanInfoが作られないなど、多少のバグ修正。

0.5.1
2018年4月19日
・Batchのパラメーターの逐次読みこみモードで、書式を拡張。
　同じ生データを解析して個別の枝番つきoutput dirに出力できるようにした。

2017年8月27日
・FSでごくたまにスコアがNaNになるものがあり、これが、集計の時にこける原因となっている。
　多分フラグメントのクリーンアップでイオン数がゼロになることが原因。
　NaNのレコードを出力しないようにした。

0.5.0
2017年7月28日
・組成式演算とデータベース検索を、段階的に許容誤差ppmを変えて計算するメソッドを追加。
　データベース毎の検索結果数も出せるように。
　LogicMFSearcher2.searchSingleWithFormulaPrediction()
・.rawファイルのあるフォルダから、必要なデータだけをmzXMLに変換し、別ディレクトリに
　格納するとともに、.rawファイルの更新日時を古い順に書き出すメソッドを追加。
　LogicUtil.convertAndCopyMzXmlFiles()
・（内部処理）ピーク検出パラメーターのEnum化は検討中。

0.4.0
2017年7月1日
・ピーク抽出部分のsettingファイルの書式を拡張して、簡単に書き下せるようにした。
2017年6月30日
・アラインメント部分のパラメーターを外に出した。
  -al -f ***.txtで、パラメーターファイルを読み込む。
・confDirに_samples.txtというファイルがあり、files_match.txtがない場合、
　files_match.txtを自動で作成するメソッドを加えた。
　files_match1.txt, files_match2.txt, files_match3.txt, files_msn.txtは、
　files_matchの情報を使って、ファイルが存在しても上書きされる。
　samples.txtは、共通のデータディレクトリをdir = で指定することができるので、
　記載がより簡単になる。
2017年6月29日
・アラインメントを行ったときに、MS/MSデータが対応していないバグを修正。
  MCV_checkFileReSimpleMatch.txtのピークIDが、MCV_checkFile.txtやMSn_Best.txt
  と一致していなかったことが原因（MCV_checkFile.txtに、無効ピークも書き出すような
  仕様にしたため）。
2017年6月26日
・アラインメントの中央値補正の間違えを修正。
　アイソトープピークの関係にあるアラインメントを出したのち、該当したアラインメントに
　含まれるピークだけで中央値を決めていた。
　UGも含めた全ピークで中央値補正するように修正した。
2017年5月8日
・MFSearcherツールのバグを修正。


0.3.5
2017年2月22日
・ピーク検出パラメーターなどをいろいろ改良した。
　job.peakeditor.recalcAdduct
　13Cグループやアダクト判定で参考にならなかったピーク（Alone peak）を無効にする設定。
　ピークトップの強度（peakeditor.rejectAlonePeak.minPeakTopHeight）が一定以下か
　ピークのmaxとminの比（peakeditor.rejectAlonePeak.maxMinTopRatio）が一定以上のものを、
　無効ピークとしてinvalidにするようにした。
　アラインメントでは、validピークだけを使ってアラインメントし、ピークの復活の
　過程で、無効ピークも復活させるようにした。
　peakselection.fMinIonValidRatio
　ピークの幅のなかで、イオンのないスキャンが一定以上含まれているものを無効にする。
　peakselection.fMaxNeighborDifPpm
　隣接するスキャンにあるイオンのm/zの差（ppm）の平均が、一定以上のものを無効にする。

0.3.4
2016年12月6日
・ProteoWizardの新しいバージョンのデータでも開けるようになった。
　pw3.0.10で確認。
　JRAPライブラリーを使わずにmzXMLを読み込むようにしたため。
　動作も速くなった。
2016年11月29日
・parameterファイル、settingファイルのinclude設定で、そのファイルからの相対パスに
　ファイルが存在する場合に、読み込めるように変更した。これで、confファイルの移動が
　ラクに。
2016年8月15日
・ScanCountの機能を付けた。コマンド起動させる。
・SimpleMatch, SimpleAlignment, AfterPeakSelectionのバッチ起動のコマンドを少し改変。
2016年8月9日
・settingfileに、「include<tab>FILE」と書いておくと、そのファイルをさらに
　読みに行くようにした。
・parameterファイルに、「include = FILE」と書いておくと、そのファイルを
　さらに読みに行くようにした。
・AfterPeakSelectionが起動しなかったバグを修正。

0.3.3
2016年8月3日
・個別のピークについてもMSnを書き出せるようにした。
・Overwriteで、個別ピークについてもvalidの状態を変更できるようにした。
2016年7月27日
・全MSnのデータを書き出せるようにした。（全13Cピークグループについて）
・mzXML周りの処理をMzXmlTool.jarに集約した。
2016年7月26日
・SimpleMatch, SimpleAlignmentの機能を外だしした。
・AfterPeakSelectionが、PowerGetBatchと同じjarで起動できるようにした。
2016年7月13日
・CheckFile出力機能で、再度SimpleMatchをかけられるように、
　ピークの高さと半値幅を出力したMCV_checkFile_ReSimpleMatch.txtを作成できるようにした。


0.3.2
2016年6月13日
・一部の装置でMS/MSデータの対応付けがうまく行かない症状に対応した。
　これまで、最も頻度の高いMS2スキャン個数を基準にMS2の対応付けをしていたが、
　最も個数の多かったものを基準にすることにした。
　設定値以上にMS2が取れない場合に次のFull scanに移行する装置だと、元の仕様では
　うまく行かないため。

0.3.1
2016年1月18日
・PowerMatchに持って行ったときに、Actual Massの表示が一部おかしいという不具合に対処。
　RecalcAdductを行った後、Actual Mass情報を確実に上書きするように修正した。

0.3.0
2016年1月5日
・ピーク検出、セレクション、デコンボリューション、13Cグループ化のアルゴリズムを
　色々と改良。parameters.txtのパラメーターを結構増やした。
2015年10月9日
・13C安定同位体ピーク検出のパラメーターをparameters.txtに外出しした。
・parameters.txtのテンプレにバージョンを記載することにした。

0.2.3_beta
2015年7月20日
・開発用として、ピークを取捨選択するためのGUIを作成。

0.2.2
2015年5月28日
・アダクト判定を行った後にDBサーチを行うと、Cの同位体イオンが存在しないピークについて
　適切な検索が行われず結果がゼロ件になるというバグを修正。
　（0.2.1では、アダクト判定をしなかった場合に適切に処理できなかったため、
　　0.2.2では処理できるように修正した）

0.2.0
2015年4月13日
・DB検索結果をファイルに出力できるようにした。

0.1.1
2015年4月3日
・改良したアダクト判定機能を追加した。これにともない、Adduct Unit File、Repeat Unit File
　の指定を、セッティングファイルに含めることにした。
・データの上書き機能を追加した。これにより、元となるファイルの指定を、セッティングファイル
　中に含めることにした。
・TogoMD出力機能に、MS/MSのデータ出力を追加した（フィルター部分はmzXMLの仕様により不完全）。
・MassChroViewerのチェックファイル書き出し機能を追加した。
・IsotopeExplorerのピークファイルの書き出し機能を追加した（一部の列は検討途中）。

※このバージョンで処理したPowerFTデータは、PowerGet_3.5.7 beta以降でしか開くことができません。


0.1.0
2015年1月31日
・最初のバージョンをリリース。